处理工程结算异议通常有以下几种方式：

协商解决 ：双方应本着平等、公正的原则，结合现场已完工的成果，对照合同、图纸、招投标文件等，重新计算工程量。如果双方能够达成一致，则按照协商结果进行结算。

第三方机构调解 ：可以聘请双方认可的造价咨询中介机构进行结算。如果对中介机构的结算结果有异议，可以根据合同约定请求仲裁或提交人民法院。

法律途径 ：如果协商不成，可以根据《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十九条的规定，按照合同约定的计价标准或方法结算工程价款。如果合同中没有约定或约定不明，可以参照签订合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准。

诉讼 ：如果上述方法都不能解决争议，可以依法向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要准备充分的证据，如合同、施工记录、支付凭证等，以支持自己的主张。

仲裁 ：如果合同中有仲裁条款，可以根据约定向仲裁机构申请仲裁。仲裁结果通常是终局性的，具有法律约束力。

特殊情况的处理 ：对于期货结算数据有异议的，会员应在规定时间内以书面形式通知交易所。如果会员在规定时间内未提出异议，则视为认可结算数据的正确性。

在处理结算异议时，应遵循“尊重合意”和“实事求是”的原则，并考虑合同的具体条款和实际情况。