增值税专用发票（专票）的扣税方式如下：

确认销项税额和进项税额

销项税额：一般纳税人在销售货物或提供劳务时，向购货方收取的货物增值税税额。

进项税额：一般纳税人在购买货物或接受劳务时，支付的增值税税额，可以在计算应纳税额时抵扣。

计算应纳税额

应纳增值税额 = 销项税额 - 进项税额。

抵扣进项税额

企业在取得增值税专用发票后，需要在规定时间内（通常为90天内）进行认证，认证后的进项发票方可用于抵扣销项税额。

抵扣的具体操作步骤包括：将进项税发票和销售发票清单打印出来，根据打印清单填写各种报表，并在纳税申报时将进项税额和销项税额填入相应的表格中，计算出应纳税额。

填写申报表

在增值税纳税申报表中，需要分别填写销项税额和进项税额，然后计算出应纳税额。

进项税额可以从销售发票清单中获取，销项税额则根据开具的增值税专用发票上的金额计算得到。

申报表中的本期应补（退）税额即为应纳税额。

选择缴税方式并完成缴税

根据自己的实际情况选择合适的缴税方式，如三方协议缴税、银联在线缴税、银行柜台缴税等，并按照系统提示完成税款缴纳。

示例

假设一般纳税人开具的增值税专用发票上注明的销售额为10万元，税率为13%，同时采购取得了进项发票，金额为9万元，税率为13%。

计算销项税额

销项税额 = 10万元 × 13% = 1.3万元

计算进项税额

进项税额 = 9万元 × 13% = 1.17万元

计算应纳税额

应纳增值税额 = 1.3万元 - 1.17万元 = 0.13万元

填写申报表

在增值税纳税申报表中，销项税额填1.3万元，进项税额填1.17万元，计算出应纳税额为0.13万元。

完成缴税

根据选择的缴税方式，完成0.13万元的税款缴纳。

通过以上步骤，企业可以按照规定计算和抵扣增值税专用发票的税额，确保按时足额缴纳税款。