1、作废增值税专用发票最重要的是在开票系统里作废；
在发票填开窗口里有一个发票作废一栏，单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票就在税务系统里作废了，这才叫真正的作废，就可以不用上税了。
然后再对纸质发票作废，这就是次要的了，如果单位有作废章，盖作废章看起来正规点，如果单位没有作废章，就直接用笔写在发票上（发票自带复写，每一张都作废了），然后将作废的三联发票保管好（很重要，一定不能遗失），留单位备查就行了。
2、作废发票必须是当月的发票，如果跨月的发票，是不可能作废的（系统里也是不认可的），只能采取开红字的方式冲掉该发票（开红冲发票有专门的手续）。
【法律依据】：《关于修订增值税专用发票使用规定的通知》规定，一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。
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本文概览：1、作废增值税专用发票最重要的是在开票系统里作废；在发票填开窗口里有一个发票作废一栏，单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票就在税务系统里作废了，这才叫真正的作废，就可以不用上税了。然后再对纸质发票作废，这就是次要