由于综合所得（包括工资薪金所得）个人所得税是按年征收、按月或者按次预缴、年终汇算清缴的，所以从两处取得工资薪金所得，最终是要合并缴纳个人所得税的，合并后的全部收入减除费用六万元和专项扣除、专项附加扣除等的余额为应纳税所得额，然后计算缴纳个人所得税。

根据个人所得税法实施条例规定：纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人减除专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除。

对于每月减除费用5000元，税务机关的建议是只从一处单位减除，自觉向另一家单位告知不减除费用5000元。因为税务机关从后台是能够看到你从两个单位领取工资的。

像你说的这种情况，一个公司到了交税起点，说明减除5000元费用和专项扣除、专项附加扣除后还有余额，这部分余额为预扣预缴应纳税所得额，应当预扣预缴个人所得税。另一个公司由于没有了5000元减除费用和专项附加扣除，自然是要全额预扣预缴个人所得税的。所以，两家都是要缴税的。

当然，由于目前没有明确规定预扣预缴时只能在一个单位减除费用5000元，税务机关发出的提示只是建议，你也可以不告知另外一个公司不用减除费用5000元，那么从另外一个公司取得的工资不足5000元，另外一个公司暂时不需要预扣预缴个人所得税，也就是说，暂时不用缴税了。

但是，全年需要汇算清缴，在次年3月1日至6月30日汇算清缴时，由于全年只能减除费用六万元，那么你在另外一个公司取得的工资，由于没有预扣预缴，最终还是要补缴个人所得税的。