运输公司可以抵扣进项税额的发票有购进运输固定资产的发票，加油费，修理费等内容的专用发票。如果企业是一般纳税人,取得增值税专用发票,而且该运输属于可以抵扣范围的,则其运输支出所支付的款项可以进行扣。如果企业不是一般纳税人,或者未取得可以抵扣的。
抵扣进项税额是指企业在生产经营过程中购进原辅材料、销售产品发生的税额后，在计算应缴税额时，在销项增值税中应减去的进项增值税额，简称进项税。进项税就是购进货物时所发生的税金，可以和销项税抵，如进项税多可做为留抵税，用于以后月份抵，若销项税多则应向税务部门交纳税款。
所谓进项税和销项税是指增值税的进项和销项税。增值税是国家就增值额征的一种税。如果你是一般纳税人，你花1元钱买的商品的同时(卖方如果能提供增值税发票的话)，给你商品的一方要替税务局向你收0.13元的税款。
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