海关会计审计的主要工作内容包括以下几个方面：

财政、财务收支及其相关经济、管理活动的审查和监督

审计署及财税海关审计局等部门依据法律法规，对海关总署、各省分署、各直属分关及下属单位的财政、财务收支及其相关的经济、管理活动进行真实性、合法性以及效益和管理绩效的审查。

特定问题的专项审计

对海关工作的特定问题进行全面评价的专项审计，通过审计程序审查海关的管理和运作情况，检查工作程序、规章制度是否严格执行，是否存在违法违纪行为，以及是否有效履行职责。

预算执行情况的审计

对海关的预算执行情况进行审计，确保预算的准确性和合规性。

财务核算、预算管理、资金管理等工作

负责海关日常经济业务的核算工作，包括收入、支出、资产和负债的登记和记录，确保财务数据的准确性和完整性。

参与编制和执行海关的预算计划，监控预算执行情况，提供预算执行分析和报告。

负责海关资金的管理和运作，包括现金流量管理、资金调度、资金投资等工作。

报关、缴纳税费、退税、补税、免税、备案、核销等工作

处理货物的进出口报关手续，计算并缴纳进出口税费，处理出口货物的退税申请和超过规定期限未缴纳的税费补缴，申请并管理免税商品或特定情况下的免税，对需要备案的财务或业务事项进行处理，对进出口货物进行核销，确保账目与实际相符。

财务监督、统计报表编制和财务分析

参与制定和执行海关内部控制政策和程序，确保财务管理的合规性和风险控制。

准备和提交海关的财务报表和财务分析报告，向上级部门和相关利益相关方提供财务信息和建议。

审计证据的收集、整理和分析

收集和整理会计资料，对会计资料进行加工计算并记录，对会计工作审计的信息进行分析并出具审计报告意见。

内部控制的稽核

对会计核算、会计基础工作及财务收支数据的合规性与合理性进行审核，检验内部财务会计控制系统的有效性。

综上所述，海关会计审计的主要职责是确保海关的财政、财务收支及相关经济、管理活动的真实性、合法性和效益，通过审计监督促进海关管理的改进和行政效率的提升。