个人所得税的扣税计算步骤如下：

确定应纳税所得额

应纳税所得额 = 税前收入 - 起征点（5000元） - 专项扣除（三险一金等） - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。

应用税率和速算扣除数

根据应纳税所得额，查找适用税率和速算扣除数。个人所得税采用超额累进税率，税率和速算扣除数根据全年应纳税所得额的不同区间而有所不同。

计算应纳税额

应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。

会计分录

提取时：

借：所得税

贷：应交税金--所得税。

结转时：

借：本年利润

贷：所得税。

缴纳时：

借：应交税金--所得税

贷：银行存款等。

示例

假设某员工月收入为12000元，三险一金每月共计1000元，专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等）共计1000元。

计算应纳税所得额

应纳税所得额 = 12000 - 5000 - 1000 - 1000 = 4000元。

应用税率和速算扣除数

根据税率表，4000元属于第一级应纳税所得额（不超过36000元），适用税率为3%，速算扣除数为0。

计算应纳税额

应纳税额 = 4000 × 3% - 0 = 120元。

会计分录

提取时：

借：所得税 120

贷：应交税金--所得税 120。

结转时：

借：本年利润 120

贷：所得税 120。

缴纳时：

借：应交税金--所得税 120

贷：银行存款等 120。

通过以上步骤，可以计算出员工的应纳税额，并进行相应的会计处理。