在会计交接过程中发现账目存在差额时，应采取以下步骤进行处理：

核对明细科目及总账

确保所有明细科目及总账科目都已核对清楚，未完事项和特别事项已交接，前期调整事项明细及原因说明已提供，非常规工作明细清单已编制。

编制会计档案移交清册

编制会计档案（资料）移交清册一式三份，逐项逐册登记、清点、核实、交接，交接双方及监交人分别签名、盖章，确保交接清晰。

现金交接

现金交接应根据交接表进行，确保现金余额与会计账簿记录一致。如果存在差额，应在交接表上注明原因，并由移交人负责查清处理。

有价证券交接

有价证券的数量要与会计账簿记录一致，面额与发行价不一致时，按照会计账簿余额交接。

会计凭证、账簿、报表和其他资料交接

会计凭证、账簿、财务会计报告和其他会计资料必须完整无缺，如有短缺，必须查清原因，并在移交清册中加以说明，由移交人负责。

盘点实物

如有必要，进行实物盘点，核对账项与实物是否相符，确保账实相符。

编制余额调节表

如果发现账目存在差额，可以编制余额调节表，将差额计入其他应收（其他应付）科目，并注明原因，以便分清责任。

查明原因并调整

移交人应尽量查明差额的具体原因，并进行相应的调账或写一份说明。如果差额无法查明，可以暂时挂账，后续再进行处理。

后续处理

接管人员应在规定期限内完成交接，确保账目清晰、完整，能够继续正常进行账务处理。

通过以上步骤，可以确保会计交接过程中发现的差额问题得到妥善解决，并明确责任，避免后续的麻烦。建议交接双方在交接过程中详细记录所有事项，确保交接清晰、准确。