会计在扣除个人所得税时，需要遵循以下步骤和会计分录：

计算应纳税所得额

应纳税所得额 = 个人收入 - 免税额 - 减除费用（例如五险一金） - 专项附加扣除 - 其他依法确定的扣除项。

计算应缴税额

应缴个人所得税税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。

会计分录

计提工资时：

借：管理费用等（根据员工所属部门计入相应费用科目）

贷：应付职工薪酬——工资

发放工资时：

借：应付职工薪酬——工资

贷：银行存款

贷：应交税费——应交个人所得税。

企业交纳个人所得税时：

借：应交税费——应交个人所得税

贷：银行存款。

申报和缴纳

在次月的十五日之前，企业需要将代扣代缴的个人所得税缴入国库，并向税务机关报送扣缴税款报告表。

示例

假设某员工每月工资为12000元，五险一金每月共计2000元，专项附加扣除为1000元，起征点为5000元。

计算应纳税所得额

应纳税所得额 = 12000 - 5000 - 2000 - 1000 = 4000元。

计算应缴税额

应缴个人所得税税额 = 4000 × 10% - 210 = 190元（适用税率为10%，速算扣除数为210）。

会计分录

计提工资时：

借：管理费用——工资12000

贷：应付职工薪酬——工资12000

发放工资时：

借：应付职工薪酬——工资12000

贷：银行存款11890

贷：应交税费——应交个人所得税190

企业交纳个人所得税时：

借：应交税费——应交个人所得税190

贷：银行存款190

通过以上步骤，企业可以正确计算并扣除员工的个人所得税，并按时进行申报和缴纳。