企业发生的公益性捐赠支出在计算企业所得税时的处理方式如下：

扣除限额

企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额的12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。

超出部分的处理

超过年度利润总额12%的部分，准予结转以后三年内内在计算应纳税所得额时扣除。

捐赠的形式

自产货物捐赠：企业将自产货物用于捐赠，应分解为按公允价值视同销售和捐赠两项业务进行所得税处理。视同销售找出公允价与该资产成本之间的差额（视同毛利）计入计税所得，公益性捐赠部分不超过年度利润总额12%的部分，准予扣除。

直接捐赠：纳税人向受赠人的直接捐赠，不得扣除，应作纳税调整。

扣除标准

公益性捐赠扣除标准=利润总额×12%。如果公益性捐赠扣除标准大于实际捐赠额，按照实际捐赠额税前扣除；如果公益性捐赠扣除标准小于实际捐赠额，按照公益性捐赠额标准税前扣除。

示例计算

假设某企业年度利润总额为500万元，营业外支出列支公益性捐赠额为40万元。

公益性捐赠扣除标准

公益性捐赠扣除标准 = 500万元 × 12% = 60万元

实际捐赠额

实际捐赠额为40万元

税前扣除

实际捐赠额40万元小于扣除标准60万元，因此可以全部扣除。

应纳税所得额

应纳税所得额 = 500万元 - 40万元（公益性捐赠扣除）= 460万元

企业所得税

企业所得税应纳税额 = 460万元 × 25% = 115万元

建议

企业在进行捐赠时，应充分了解相关税法规定，确保捐赠支出符合公益性捐赠的要求，以便最大限度地享受税前扣除的优惠政策。同时，企业应妥善保存相关捐赠凭证和文件，以备税务机关审查。