公司土地契税的计算遵循以下步骤和规则：
确定计税依据
计税依据通常包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、征收补偿费、城市基础设施配套费、实物配建房屋等应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
如果土地交易价低于当地政府规定的基准地价，则按基准地价计税。
确定税率
契税的税率实行3%~5%的幅度税率。
具体税率由各省、自治区、直辖市人民政府根据当地实际情况决定，并需报财政部和国家税务总局备案。
计算应纳税额
应纳税额 = 计税依据 × 税率。
例如，如果公司支付的土地出让金为1000万元，土地交易价款为2000万元，且当地规定的契税税率为4%，则公司应缴纳的契税为：
应纳税额 = （土地出让金 + 土地交易价款） × 税率
= （1000万元 + 2000万元） × 4%
= 3000万元 × 4%
= 120万元
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