运输公司办理退税的流程通常包括以下几个步骤：
税务登记和一般纳税人资格
企业需在税务局进行登记，取得一般纳税人资格。
海关备案
向海关申请办理海关备案，取得海关进出口货物收发货人备案登记表。
增值税退税申请
向税务局申请增值税退税，并提交相关凭证，如增值税专用发票、海关进出口货物报关单、税务登记证等。
所得税预缴税款退税
在次年5月底之前向主管税务局提出所得税预缴税款退税申请，并提供必要的资料，如《退税申请审批表》、完税凭证、会计决算报表、所得税预缴申报表和年终申报表等。
退运商品退税
准备退运商品的报关单、增值税专用发票、退运证明等材料，提交给海关申请办理退运手续，并申报退税。
船舶退税
根据相关公告，运输企业需提供特定资料向主管税务机关申请办理船舶退税。
填写退税申请
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本文概览：运输公司办理退税的流程通常包括以下几个步骤：企业需在税务局进行登记，取得一般纳税人资格。向海关申请办理海关备案，取得海关进出口货物收发货人备案登记表。向税务局申请增值税退税，并提交相关凭证，如增值税专用发票、海关进出口货物报关单、税务登记证