跨区施工的纳税申报流程如下：

预缴税款

一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法时，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款。

选择适用简易计税方法时，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。

小规模纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。

税务登记

纳税人到外县（市）临时从事生产、经营活动，应持税务登记证副本和所在地税务机关填开的《外出经营活动税收管理证明》，向营业地税务机关报验登记，接受税务管理。

纳税申报

纳税人应向建筑服务发生地主管税务机关预缴税款，并向机构所在地主管税务机关申报纳税。

缴纳税款

预缴税款后，纳税人可在地方特色服务如“云闪付”中缴纳税款。

税务管理

建筑安装企业应按照国家财务、税收的有关规定设置账簿，正确计算应纳税所得额，按规定税率缴纳所得税。

报告编号

外省企业或省内企业需要根据报验的有效期起止时间查询跨区域涉税事项报验管理编号信息，并在税务申报时填报。

请根据最新的税法规定和实施细则进行操作，并咨询当地税务机关以获取最新信息。