根据搜索结果，南京航空航天大学（南航）在自动化领域有多个优势专业，具体选择需结合个人兴趣和职业规划。以下是综合分析：

一、王牌专业推荐

电气工程及其自动化

南航的王牌专业之一，全国同类专业排名前列，主要应用于航空航天设备控制，培养控制科学与工程、计算机应用等领域的复合型人才，就业前景广阔。

招生方向包括飞行控制、工业自动化、导航与测控等，适合系统分析、设计及研发工作。

飞行器设计与工程

南航最著名的王牌专业，毕业生可从事飞机设计、制造、航空公司等工作，行业认可度高但学习强度大。

飞行器动力与工程

侧重航空发动机、推进系统等核心领域，适合对动力系统有深入兴趣的学生。

二、其他优势专业

工业自动化 ：培养自动化系统设计与维护人才，适应制造业和工业4.0需求。

能源与动力工程 ：涉及新能源、动力系统优化等前沿领域。

交通运输 ：与民航业紧密相关，空中交通管理、签派等方向就业前景良好。

三、选择建议

考研方向 ：电气工程及其自动化和飞行器设计与工程报考热度较高，竞争激烈但回报显著。

职业规划 ：

若倾向航空航天领域，优先考虑飞行器设计或电气工程；

若关注民航业，可关注民航学院空中交通管理等特色专业；

工业自动化方向适合希望进入制造业的企业。

四、总结

南航在自动化领域的王牌专业为电气工程及其自动化和飞行器设计与工程，两者综合实力和行业认可度最高。建议根据个人兴趣和职业目标选择，并结合学校招生简章和实验室资源进行进一步考量。