菏泽市目前共有4所高校，具体如下：

一、本科院校

菏泽学院

全日制普通本科高校，数据中国“百校工程”建设院校，前身为1949年成立的冀鲁豫区第二师范学校，2004年经教育部批准升格为本科院校。 - 2024年新增东明石化能源科技学院、睿鹰生物医药产业学院等8个现代产业学院，学科建设包含山东省重点学科和省级特色专业（如生物教育、物理学、财务管理等）。

二、专科院校

菏泽医学专科学校

公立全日制普通高等专科学校，前身为1958年成立的菏泽地区医学专科学校，是山东省重点建设的高职院校。 - 2024年新增护理学、药学等专业，形成以医学为核心的特色专业群。

菏泽家政职业学院

全国第一所独立设置的家政类普通高等职业院校，位于单县开发区，2019年新增为本科院校。

菏泽职业学院

公立全日制普通高校，由原菏泽财经学校、菏泽工业学校等合并组建，2018年升格为本科院校。

三、其他说明

高校类型划分 ：省属高校由省政府主办，民办高校由教育厅管理但经费自筹。菏泽学院、医学专科学校等4校均属省属本科院校。- 排名情况 ：在2025年菏泽市大学排名中，菏泽学院综合实力居首，医学专科学校在高职院校中排名第一。

以上信息综合自教育部批准文件、高校官网及权威排名平台。