昆明的学校中，以下几所被认为是最好的：

云南大学 ：云南大学是一所综合性大学，历史悠久，学科门类齐全，学术氛围浓厚。它拥有79个本科专业，其中民族学、生态学、统计学等学科处于全国前列，有6个学科进入全球ESI前1%。

昆明理工大学 ：昆明理工大学以工科为主，同时拥有强大的理科和文科实力。学校环境优美，设施齐全，师资力量雄厚，尤其在有色金属行业和区域经济社会发展中发挥着重要作用。

云南师范大学 ：云南师范大学是师范类学校，在基础教育领域享有盛誉。学校历史悠久，传统优良，被誉为“红土高原上人民教师的摇篮”。

云南农业大学 ：云南农业大学以农业为主要专业方向，培养了大量优秀的农业人才。

云南财经大学 ：云南财经大学是云南省的重点大学之一，与美国、法国、英国的很多高校建立有合作关系。它在经济和管理领域享有较高的声誉。

昆明医科大学 ：昆明医科大学医学类学校，专业设置齐全，师资力量雄厚。

云南民族大学 ：云南民族大学以民族教育为特色，注重学生综合素质培养。

西南林业大学 ：西南林业大学也是省部共建高校，虽然具体排名和声誉略低于上述学校，但在林业和生态环境领域有显著成就。

云南中医药大学 ：云南中医药大学同样为省部共建高校，以中医药学科为主，具有一定的学术和行业影响力。

昆明学院 ：昆明学院作为一所地方性综合大学，近年来发展迅速，也在昆明市乃至云南省内享有一定的声誉。

建议

根据以上信息，如果综合考虑学校的综合实力、学科优势、师资力量和就业前景， 云南大学 和 昆明理工大学 无疑是昆明最好的两所学校。云南大学在多个学科领域处于全国前列，并且有多个学科进入全球ESI前1%，而昆明理工大学则在工科领域具有显著优势。对于希望进入综合性大学的学生，云南大学是理想的选择；而对于希望学习工科的学生，昆明理工大学则更为合适。此外，云南师范大学、云南农业大学和云南财经大学在各自的专业领域内也有很强的竞争力，值得考虑。