报考日本大学并确保有保底选项，可以遵循以下步骤：

制定考试计划 ：

选择三所不同档次的大学，包括一所理想学校、一所符合现有水平的大学和一所保底学校。

准备申请材料 ：

准备包括志望理由书、英语成绩（托福、托业或雅思）、日语能力考（JLPT）成绩、EJU（日本留学生考试）成绩、高中毕业证和成绩单等必要文件。

参加EJU考试 ：

EJU考试是留学生申请日本大学的重要考试，内容涵盖日语、数学、理科综合（物理、化学、生物中选择两门）和文科综合等科目。

参加校内考 ：

国公立大学和部分私立大学要求学生在提交EJU成绩后，还需参加大学的校内考，这可能包括笔试和面试。

选择报考方式 ：

根据自身情况选择合适的报考方式，如先参加EJU考试和英语考试，再递交成绩给大学，并参加校内考；或直接参加某些大学的校内考。

等待录取结果 ：

提交申请后，等待大学公布录取结果。如果只有保底学校合格，可先缴纳入学金确保签证，再考虑是否继续冲刺其他志愿校。

考虑其他途径 ：

部分大学可能提供在中国国内的预科班或直接进行远程考试，以减轻学生赴日考试的负担。

选择保底学校 ：

选择一些录取几率较高且自己有一定把握的学校作为保底，如选择一些排名相对较低但教学质量和国际化程度较高的学校。

通过以上步骤，你可以制定一个合理的报考计划，并选择适合自己的保底学校，从而提高录取机会并确保留学签证的顺利办理。