昆山自考转入南通的流程如下：

取得转入省市的准考证

在南通进行自考报名，取得南通的自考准考证。

办理转出手续 （如果适用）：

如果之前在昆山报名，需要回到昆山的自考办办理转出手续。这通常包括提交必要的文件和申请，复查《考籍转移通知单》中的科目和成绩，并签字确认。

办理转入手续

在南通自考办，持转出地自考办开具的《省自学考试转考成绩证明》以及两个省市的准考证和身份证办理转入手续。

等待转出考籍档案到达

在转出地自考办确认转出手续后，需要等待一段时间（通常为1个月）后，再向转入省市自考办查询考籍档案是否到达。

确认转入信息

考生在转入省市自考办办公时间内，持转出省市考办开具的转出证明，以及转入省市的准考证、身份证办理转入手续。确认档案到达后，登录转入省市的自考服务平台，确认转入信息。

提交材料并审核

打印转考登记表，并向当地县（区）自考办提交本人准考证、身份证原件及复印件、转考登记表，以及转入外档号。提交材料后，等待市考办审核通过。

查询办理结果

在提交转入申请后，可通过省自学考试管理系统查询办理结果。

建议：

确保在办理转入手续前，所有转出手续已经完成，并且转出考籍档案已经到达转入省市。

在办理转入手续时，准备好所有必要的文件和资料，以避免因资料不全导致办理延误。

及时登录转入省市的自考服务平台，确认转入信息，确保转入过程顺利进行。