南京自考档案的存放方法有以下几种：

存放在人才市场

如果自考档案已经密封，可以直接将档案存放在人才市场。

存放在工作单位

如果已经找到工作，并且工作单位具有档案管理权限，可以将自考档案直接存放在工作单位。

存放在户籍所在地

如果尚未找到工作，或者工作单位不具有档案管理权限，可以将自考档案存放在户籍所在地。具体方法是将档案交回给户籍所在地的教育局，他们会根据相关规定进行存档。

存放在人才中心

如果以上方法都不可行，可以将自考档案存放在人才中心。存档时需要签订一份托管协议，可能还有一些托管费用。

存放在原籍

毕业后将档案带回了原籍，当地会接受你的档案，但是需要你有介绍信。

存放在街道办事处或派出所

对于没有工作单位的考生，可将学籍档案材料原件存放街道办事处、当地派出所或人才交流中心等有权存放人事档案的部门代管，与自己的人事档案归在一起。

建议

提前确认存档机构：在毕业前，建议先确认自己的档案应该存放在哪个机构，并了解具体的存档流程和所需材料。

保持档案密封：确保档案在存放前是密封的，并且所有材料齐全，如有必要，可以向学校申请装袋密封。

备份档案：为了防止档案丢失或损坏，建议将档案扫描件存放在云盘或可靠的设备上，并将纸质备份存放在安全的地方。

及时更新档案：在存档后，注意及时更新档案信息，以便在需要时能够顺利使用。