在军校指挥系中，有几个专业是比较热门和推荐的，具体如下：

步兵专业 ：步兵专业在军校中属于对口专业，分配上有很大优势，并且转向其他专业也相对容易。成为一名步兵部队的指挥官需要能力和才华，因此建议选择步兵专业。

战略学、战术学、军队指挥学：

这些专业在军校中具有较高的知名度和影响力，主要培养掌握现代军事理论和技能，具备指挥作战能力的中高级军官。毕业生在军队中具有较高的地位和待遇，且就业前景广阔。

信息工程专业和通信工程专业：

这些专业培养掌握现代通信技术和军事信息系统的研究、设计、运行和管理能力的复合型人才，适应军队的现代化建设需求。

空军战役学、空军战术学、空军作战指挥学：

这些专业针对空军作战与指挥的多个领域，培养学员掌握空军作战指挥的基本理论和技能，包括指挥决策、指挥控制、指挥协调等方面的内容。此外，空军指挥学院还设有空军领航指挥、空军指挥自动化、航空兵参谋业务等特色专业。

军种战役学硕士专业：

该专业致力于培养具备深厚军事理论素养和丰富实践经验的高级军事人才，强调培养学生的战略思维、战役筹划和组织实施能力。毕业生能够胜任现代战争中军种战役的指挥与决策工作。

根据以上信息，如果你有志于在军队中担任指挥职务，并且希望掌握全面的军事理论和技能，那么选择步兵专业、战略学、战术学、军队指挥学、信息工程专业、通信工程专业、空军战役学、空军战术学、空军作战指挥学或军种战役学硕士专业都是不错的选择。

建议

如果你对步兵专业感兴趣，并且希望能够在军队中担任基层指挥职务，那么步兵专业是一个很好的选择。

如果你希望成为具备全面军事理论素养和指挥作战能力的中高级军官，那么战略学、战术学、军队指挥学以及信息工程专业和通信工程专业都是值得考虑的。

如果你有志于在空军领域发展，那么空军战役学、空军战术学、空军作战指挥学等专业将是非常适合你的选择。

如果你希望继续深造，并且对军事战略有深入研究，那么军种战役学硕士专业将是一个很好的选择。