在合肥，最好的大学是 中国科学技术大学。它不仅是国内顶尖学府之一，也是全球知名的综合性研究型大学。中科大在理科领域，特别是物理学、化学、数学、天文学等学科有着卓越的成就，拥有一流的科研设施和优秀的师资队伍。此外，中科大注重培养学生的科学素养和创新能力，其独特的“全院办校、所系结合”的办学方针，促进了教学与科研的紧密结合。中科大的毕业生在国内外的科研、教育、企业等领域都有出色的表现，为国家的科技进步和经济社会发展做出了重要贡献。

其次， 安徽大学和 合肥工业大学也是合肥最好的大学之一。安徽大学是安徽省属重点综合性大学，学科门类齐全，涵盖了文学、历史学、哲学、经济学、法学、管理学、理学、工学、艺术学等多个学科领域。安徽大学在全球ESI排名中有5个学科进入前1%，1个学科进入前1‰。合肥工业大学则是一所教育部直属的全国重点大学，学校在工科领域有着突出的优势，其机械工程、电气工程、材料科学与工程等学科在国内具有较高的知名度。合工大注重产学研结合，与众多企业建立了紧密的合作关系，为学生提供了丰富的实践机会。

综上所述，中国科学技术大学在合肥乃至全国都具有极高的声誉和影响力，是众多学子向往的学术殿堂。安徽大学和合肥工业大学也是非常好的选择，各自在特定学科领域有着明显的优势。