南京的本科军校及其专业如下：

中国人民解放军陆军指挥学院

专业：

合同战术、司令部工作、人民武装工作和军队政治工作等。

中国人民解放军海军指挥学院

专业：

战役指挥系、战术指挥系、政治指挥系、后勤指挥系、研究生管理大队、战役训练班等。

中国人民解放军陆军工程大学

专业：

通信兵、工程兵、无人机、武器装备保障（步兵、炮兵、防空兵等领域）和部分新兴专业军官培养，以及陆航飞行员、航空机务生长军官本科基础教育等。

中国人民解放军国防大学政治学院

专业：

军事、教育学、中文、外语、自然科学、计算机等。

中国人民解放军国防科技大学南京校区

专业：

涉及信息科技、战略研究等领域，具体专业未详细列出。

中国人民解放军陆军炮兵防空兵学院南京校区

专业：

具体专业未详细列出。

中国人民解放军理工大学

专业：

信息工程、电子工程、土木工程、机械工程及其自动化、国防工程指挥、道路桥梁与渡河工程、伪装工程等。

解放军国际关系学院

专业：

军事联络、国际调研、边防情报、国防外事等。

南京政治学院

专业：

具体专业未详细列出。

这些专业涵盖了陆军、海军、空军等多个军种，以及军事指挥、工程、通信、政治等多个领域，为中国人民解放军培养了大量高素质的军官。建议在选择专业时，结合自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的发展方向。