本科套改二期士官的退伍费计算方式如下：

基本复员费

根据月工资基数（包括军衔工资、军龄工资、边远艰苦地区津贴、地区附加津贴和高山海岛津贴等）计发。

军龄不满10周年的，军龄每满1年发给1.5个月工资；不满15周年的，军龄每满1年发给2.5个月工资；不满20周年的，军龄每满1年发给3个月工资；满20周年以上的，军龄每满1年发给4个月工资。其中，军龄不满1周年的部分，按年标准的一半计发。

安家补助费

按照月工资基数的2.5%计发。复员到大中城市的，10周年以内的，每年发给0.5个月工资；10周年以上的，从第11年起，每年发给1.5个月工资。

其他费用

服役津贴：按照服役年限计算，服役年限越长，津贴越高。

退役金：根据服役年限和当地政策确定的退役金标准。

地方补助：由各地政府根据当地实际情况确定的补助标准。

自主就业补助：根据当地政策和实际情况确定的补助标准。

住房补贴：根据服役年限和当地政策确定的补贴标准。

具体计算示例

以一名本科毕业生为例，假设其套改二期士官后服役4年，其退伍费用大致计算如下：

基本复员费

军龄4年，按每满1年发给3个月工资计算，共计12个月工资。

具体金额需要根据当时的月工资基数计算。

安家补助费

按月工资基数的2.5%计算，4年共计1个月工资。

其他费用

服役津贴、退役金、地方补助、自主就业补助和住房补贴等，具体金额需要根据当地政策和实际情况确定。

总结

本科套改二期士官的退伍费总体上是按照二期士官的待遇发放，但具体金额会受到多种因素的影响，包括服役年限、月工资基数、地方政策等。建议咨询当地相关部门或所属部队，以获取最准确的退伍费用信息。