提前批本科缺额的原因可能有以下几点：

考生填报断档：

许多学生并没有填报提前批次的学校，导致考生填报断档的情况发生，从而出现未招满的现象。

考生退档：

在提前批录取过程中，有一些考生直接退档，不去提前批录取的学校就读，这样就空出了许多名额，需要通过征集志愿来进行补充生源。

补录分数线降低：

某一批次录取结束后，针对有些高校没有招满人的情况，省里会公布补录的分数线（降分幅度看缺额情况），并公布缺额的学校、专业、人数。供那些还未被录取的、上了补录线和要求的考生在规定的时间内，自愿选择是否重新填报志愿，参加补录取。

报考人数不足：

符合报名条件的考生数量相对偏少，例如，某些地市可能只有某一个县的考生才具有报考资格，有的地市甚至所有考生都不能报考。

招生计划过多：

高校招生计划太多也是导致缺额的一个原因。近年来，各大高校陆续增加在河南省的招生计划，此次国家专项大面积断档，和招生计划太多不无关系。

专业不受欢迎：

考生在报考时更倾向于选择热门专业，对于双一流高校的冷门专业，很多考生提不起兴趣。

高校自行设置投档最低分：

高校可能自行设置了较高的投档最低分，导致部分考生无法达到该分数，从而未能被录取。

综上所述，提前批本科缺额的原因多种多样，包括考生填报断档、退档、补录分数线降低、报考人数不足、招生计划过多、专业不受欢迎以及高校自行设置投档最低分等。