房地产预收款的开票方式如下：

使用“未发生销售行为的不征税项目”编码开具发票

根据国家税务总局的规定，房地产企业收到预付款时，应使用“未发生销售行为的不征税项目”的编码账务开具发票。具体地，可以选择“销售自行开发的房地产项目预收款”的普通发票，并在发票税率栏填写“不征税”。

按3%的预征率预缴税款

在开具增值税普通发票时，虽然税率栏填写“不征税”，但房地产企业需要按照3%的预征率预缴税款。具体操作是在开具发票次月，通过《增值税预缴税款表》进行申报并按照规定预缴增值税。

正式交易完成后的发票处理

当正式交易完成后，房地产企业需要对之前开具的增值税普通发票予以冲红，并重新开具全额增值税发票。按照相关适用税率或征收率补征税款。

期房销售与现房销售的差异

期房销售：在交房前收到预收款，应选择“未发生销售行为的不征税项目”下602“销售自行开发的房地产项目预收款”编码开票，并在税率栏填“不征税”，开普通发票，不得开专用发票。在正式交房后，需将之前开的“不征税”普通发票收回红冲后再重新开具带实际税率的增值税发票。

现房销售：由于预收房款后会马上交房，可以直接开具带实际税率的增值税发票，并进行申报。

系统升级与编码选择

为满足税务系统要求，房地产企业需要升级其增值税税控开票软件到最新版本，找到并使用最新编码“602-销售自行开发的房地产项目预收款”进行开票。

发票备注栏信息

在开具增值税普通发票时，备注栏需要注明“预收款”字样，以便与其他类型的发票进行区分。

综上所述，房地产企业在收到预收款时，应开具“不征税”的增值税普通发票，并按照3%的预征率预缴税款。在正式交易完成后，需冲红预收款发票并重新开具全额增值税发票，补征税款。同时，企业需要确保系统升级和编码选择正确，并在发票备注栏中明确标注“预收款”。