通行费发票的抵扣方式如下：

增值税电子普通发票

可以通过发票勾选平台勾选抵扣，发票左上角应有“通行费”字样。

增值税率为3%，抵扣进项税额的计算公式为：可抵扣进项税额 = 发票上注明的金额 ÷ （1 + 3%） × 3%。

税务机关监制的桥、闸通行费纸质发票

可以计算抵扣，抵扣进项税额的计算公式为：可抵扣进项税额 = 发票上注明的金额 ÷ （1 + 5%） × 5%。

一级、二级公路通行费纸质发票

在2018年12月31日之前可以计算抵扣，自2019年1月1日起不得计算抵扣。

通行费财政电子票据

通过政府还贷公路取得的财政部门统一监制的通行费财政电子票据，不得用于增值税进项抵扣。

不征税发票

采取充值方式预存通行费，由ETC客户服务机构开具的不征税发票，不可用于增值税进项抵扣。

抵扣流程

勾选确认

纳税人通过发票勾选平台勾选确认通行费电子普通发票，选择抵扣类勾选。

纳税申报

勾选认证后，纳税人需要在增值税纳税申报时，将勾选确认的发票信息填写到增值税申报附列资料（二）中。

注意事项

纳税人应在规定的纳税期限内申报并缴纳增值税，具体纳税期限由主管税务机关核定。

取得的通行费发票必须符合相关规定，方可用于增值税进项税额的抵扣。

以上信息仅供参考，具体操作请以最新的税务规定为准。