机票代理业务交税的方式如下：

按现代服务业纳税

一般纳税人按6%的税率计算增值税。

小规模纳税人按3%的税率计算增值税。

经纪代理服务申报增值税

如果旅行社仅代收代付机票费用，并收取一定比例的手续费，则按经纪代理服务申报增值税。

差额计税

航空运输销售代理企业提供境外航段机票代理服务时，以取得的全部价款和价外费用，扣除向客户收取并支付给其他单位或者个人的境外航段机票结算款和相关费用后的余额为销售额。

提供境内机票代理服务时，同样采用差额计税方法，扣除向客户收取并支付给航空运输企业或其他航空运输销售代理企业的境内机票净结算款和相关费用后的余额为销售额。

发票类型与抵扣

旅行社开具的机票发票可以用于税额抵扣。

如果开具的是服务发票，则不能作为国内运输服务进行抵扣。

差额税款

机票代理会收取差额税款，即旅客在支付购买票时额外支付给政府的税款，以补偿机票代理在政府购买票时所交的税款。

乘客可以申请免税或退还多余的税款，但需要准备相关材料。

代销机票交税

向消费者个人销售服务、无形资产或者不动产时，需按规定交税。

总结：

机票代理业务交税主要依据现代服务业的增值税税率进行，一般纳税人适用6%的税率，小规模纳税人适用3%的税率。此外，根据具体业务类型（如境外航段机票代理、境内机票代理、经纪代理服务等），还需采用不同的计税方法和抵扣规则。机票代理在收取机票费用时，还需注意差额税款的处理及可能的免税或退税申请。