南京大学拥有多个学院和系，涵盖广泛的学科领域。以下是一些主要的学院及其下属的系：

文学院

中文系

历史学系

哲学系

外国语言文化学院

艺术学院等

理学院

物理学院

化学化工学院

地理与海洋科学学院

生命科学学院

数学系

天文与空间科学学院

地球科学与工程学院

大气科学学院

地理信息科学系

海洋科学

自然地理与资源环境

人文地理与城乡规划

工学院

电子与信息工程学院

计算机科学与技术学院

机械与动力工程学院

土木工程学院

材料科学与工程系

量子电子学与光学工程系

能源科学与工程系

生物医学工程系

商学院

经济学系

产业经济学系

金融与保险学系

国际经济与贸易系

工商管理系

会计学系

营销与电子商务系

人力资源管理学系

法学院

中德法学研究所

中国法律案例研究中心

私法研究所

法典评注研究中心

犯罪预防与控制研究所

住宅政策与不动产法研究中心

经济法研究所

经济刑法研究所

紫金知识产权研究中心

商法研究中心等

政府管理学院

政治学系

行政管理学系

劳动人事与社会保障系

国际政治

政治学与行政学

行政管理

劳动与社会保障

外国语学院

英语系

俄语系

日语系

德语系

法语系

西班牙语系

朝鲜语系

国际商务系

新闻传播学院

新闻与新媒体系

广播电影电视系

应用传播系

广告学

广播电视学

新闻学

生命科学学院

生化系

生物科学与技术系

生态学

生物技术

马克思主义学院

中国特色社会主义理论研究中心

信息管理学院

图书档案系

信息管理科学系

出版科学系

信息管理与信息系统

图书馆学

编辑出版学

档案学

社会学院

社会学系

心理学系

社会工作与社会政策系

河仁社会慈善学院

社会学

社会工作

应用心理学

艺术学院

艺术理论与创意系

美术与设计系

文化艺术教育中心

医学院

临床医学

基础医学

口腔医学

软件学院

软件工程系

信息系统工程系

嵌入式技术系

工程管理学院

管理科学与工程系

控制与系统工程系

光通信工程研究中心

管理-控制一体化实验教学中心

自动化

工业工程

信息工程

金融工程

匡亚明学院 （基础学科教育学院）

大学外语部

体育部

艺术研究院

中美文化研究中心

建筑与城市规划学院

建筑系

城市与区域规划系

南京大学中法城市•区域•规划科学研究中心

南京大学-剑桥大学建筑与城市合作研究中心

南京大学-雪城大学绿色建筑与城市环境国际研究中心

海外教育学院

对外汉语

汉语言系

对外汉语系

中外文化研究所

研究生教研室