清华大学水利水电工程系（简称水利系）的专业是 水利水电工程。该专业涵盖了水利工程一级学科的全部二级学科，包括水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口海岸与近海工程，同时还涉及归属于土木工程一级学科的岩土工程学科和归属于管理科学与工程一级学科的建设项目管理学科。
水利系的本科生以“水利水电工程专业”招生，入学后实行宽口径培养。课程设置包括自然科学、工程科学、人文社会科学等基础类课程，以及水资源工程、水利水电工程、基础与地下工程、港口航道工程等专业课程，实施本硕统筹培养模式。
此外，水利系在学科布局上还包括河川枢纽与建设管理研究所、岩土工程研究所、河流与生态研究所、水文水资源研究所、水力学研究所，并建有水圈科学与水利工程全国重点实验室。
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