南京理工大学设有多个学院，每个学院下又设有不同的系。以下是一些具体的系：

理学院

应用物理系

信息物理与工程系

力学与工程科学系

土木工程系

外国语学院

英语专业教研室

大学英语教学部

研究生英语教研室

小语种教研室

外国语言和文学研究所

外国文化与翻译研究所

语言实验中心

外语培训中心

机械工程学院

机械设计及自动化系

机械电子工程系

制造工程及自动化系

车辆与交通工程系

仪器科学与技术系

航空宇航系

设计艺术系

工业工程系

化学与化工学院

化工与制药类（高分子材料与工程专业）

化工与制药类（安全工程专业）

化工与制药类（材料化学专业）

化工与制药类（化学工程与工艺专业）

特种能源技术与工程专业

化工与制药类（应用化学专业）

化工与制药类（制药工程专业）

电子工程与光电技术学院

电子信息类（电子科学与技术专业）

电子信息类（电子信息工程专业）

电子信息类（光电信息科学与工程专业）

探测制导与控制技术专业

电子信息类（通信工程专业）

电子信息类（微电子科学与工程专业）

信息对抗技术专业

计算机科学与工程学院

计算机类（计算机科学与技术专业）

计算机类（软件工程专业）

计算机类（网络工程专业）

经济管理学院

工商管理类（工商管理专业）

会计学（财务管理专业）

经济学类（国际经济与贸易专业）

会计学（会计学专业）

经济学类（金融学专业）

经济学类（经济学专业）

工商管理类（市场营销专业）

信息管理与信息系统专业

工商管理类（人力资源管理专业）

自动化学院

自动化专业

轨道交通信号与控制专业

电气工程及其自动化专业

智能电网信息工程专业

这些信息可以帮助你了解南京理工大学的组织结构和各个学院的专业设置。如果需要更详细的信息，建议直接访问南京理工大学的官方网站或相关学院官网。