北京自主命题的原因主要涉及以下几个方面：

适应首都地区的特殊情况和需求：

北京作为中国的首都，其基础教育发达，学生获取信息快，知识面广，综合素质较高。自主命题可以更灵活地选择内容和形式，更好地符合北京地区教学特点和要求，考察更加贴近实际的能力。

反映考生的综合素质和能力：

北京高考自主命题旨在更好地反映考生的综合素质和能力，而不仅仅是选拔功能。这与北京学生普遍能够接受高等教育的情况相符合，因此命题方向更侧重于提高学生的综合能力、素质教育。

促进教育公平：

虽然全国统一考试看似公平，但实际上对后进地区并不负责任。自主命题可以更好地满足各地教育多元化的要求，同时也有助于对教育后进地区进行帮扶，实现教育公平。

推动教育改革：

自主命题是教育改革的积极响应，能够推动教育的发展，为培养全面发展的人才提供更好的途径和保障。

体现地方特色：

北京自主命题还可以体现北京作为全国政治、经济、文化中心的地方特色，便于高校有针对性地选拔人才。

避免直接比较：

自主命题为北京等自主命题省市提供了一定的“保护色”，避免了外界对它们教育质量的直接质疑。

综上所述，北京自主命题主要是为了适应首都地区的特殊情况和需求，更好地反映考生的综合素质和能力，促进教育公平和改革，以及体现地方特色。