药学专业最好的985院校是北京大学和清华大学协和医学院。
判断一个学校的一个学科是不是好，就看这个学校的这个学科有没有重点学科、有哪一个级别的重点学科。如果一个学校有国家重点一级学科，那么就可以说这个学校的这个学科是国内顶尖水平的。如果一个学校虽然没有这个学科的国家重点一级学科，但是有国家重点二级学科，那么可以说这个学校在这个学科领域是国内领先的，跟顶尖水平还有一点点差距。
一共有四个药学的国家重点一级学科，分别是北京大学、清华大学协和医学院、中国药科大学、第二军医大学。这里面，中国药科大学和第二军医大学是211不是985，所以药学专业最好的985大学就是北京大学和清华大学协和医学院。
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