根据搜索结果，日本在地理专业领域表现突出的大学主要集中在东京、京都和大阪等地，以下是综合多个权威来源的推荐及分析：

一、顶尖研究型大学

东京大学

日本顶尖研究型综合大学，七所旧帝国大学之首，全球声誉极高。地理专业涵盖自然地理学、人文地理学、GIS等细分领域，拥有世界一流的师资和科研设施。

京都大学

日本第二所旧帝国大学，以科学和工程见长，但地理专业同样卓越。其研究涵盖历史地理学、资源环境科学等方向，学术成果广泛。

东京工业大学

工科强校，地理专业在工程应用领域表现突出，如GIS技术、遥感科学等，与产业界联系紧密。

二、高学术声誉的国立大学

信州大学 ：中部地区核心大学，地理信息系统（GIS）和区域规划方向有重要研究。

静冈大学 ：以环境科学与地理学见长，尤其在生态地理学领域有突出贡献。

山形大学 ：研究型大学，地理学与经济学结合紧密。

三、其他推荐院校

早稻田大学 ：超级国际化大学，地理学研究注重全球视角，与多国高校合作广泛。

庆应义塾大学 ：私立顶尖学府，地理学结合社会学与自然环境分析。

九州大学 ：研究型国家综合性大学，经济地理学和区域政策研究领先。

四、选择建议

明确研究方向 ：

工程应用优先考虑东京工业大学、东京大学；

科学研究推荐京都大学、东京大学；

综合性学术氛围可选早稻田大学、庆应义塾大学。

参考排名与奖项 ：

东京大学、京都大学长期位居前列；

研究成果（如诺贝尔奖、日本文化勋章等）可作为参考。

地区与学科特色 ：

东日本（东京、京都）理工科地理专业更突出；

西日本（大阪、北海道）文科地理研究更具优势。

以上推荐综合了学术排名、研究实力及学科特色，可根据个人职业规划进一步筛选。