根据搜索结果，福建在电气工程及其自动化专业领域表现突出的院校主要有以下三所，可根据综合实力、行业认可度及就业情况进一步分析：

一、福州大学

综合实力

福州大学是综合性211大学，电气工程及其自动化专业为国家级一流本科专业和国家级特色专业，教育部排名全国第33位（A等级），实力略逊于东北电力大学、中国矿业大学等顶尖高校。

行业认可度

福建电网录用比例最高（约50%），且与国家电网有深度合作，福州局、厦门局等多家电网企业有大量校友。

华北电力大学（电力类）也认可福州大学电气专业的实力。

就业优势

本地就业资源丰富，约7人入职福州局，8人厦门局，20人泉州局。

综合类背景提供更广阔的发展空间，毕业生可向全国甚至一线城市发展。

二、厦门大学

学术声誉

985高校，电气工程专业实力强，拥有知名教授和科研团队，实验条件先进。

就业竞争力

就业覆盖全国，尤其适合希望前往一线城市（如北京、上海）发展的学生。

综合专业优势明显，电力专业并非其核心优势，但学生可利用多学科背景提升竞争力。

三、其他推荐院校

福建理工大学 ：电气工程及其自动化专业有百年历史，与国家电网合作紧密，本地就业率高。

华侨大学 ：电气专业也较有实力，但信息相对较少。

总结建议

优先考虑福州大学 ：若目标为福建电网或希望获得本地优质就业资源。

兼顾综合实力与就业 ：厦门大学适合追求学术氛围和全国发展机会的学生。

关注校招信息 ：如福州大学2024届数据显示，电网企业对福州本地高校毕业生有明显倾斜。

建议考生结合自身职业规划、分数及兴趣，参考多方面信息综合选择。