大气科学作为一级学科，其所属院系设置因高校不同而有所差异，主要分为以下两种情况：

一、独立的大气科学系

北京大学

原清华气象系，后并入物理系，现设为大气物理学与天气动力学等专业，属于理学类。

浙江大学

地球科学学院下属的大气科学系，专注于气象学、大气物理学等领域。

中山大学

大气科学学院是国家级重点学科，以热带/副热带天气、气候及大气环境为研究方向。

云南大学

地球科学学院包含大气科学系，是西南地区唯一具有一级博士和硕士点的省级重点学科。

二、隶属于其他学院

南京信息工程大学

设有大气物理学院，提供本科和研究生专业。

成都信息工程大学

地球科学学院下属，前身为成都气象学院气象系。

安徽农业大学

资源与环境学院设有大气科学系，专注于农业气象领域。

三、学科方向与分类

大气科学一级学科下包含多个二级学科方向，如气象学、大气物理学、气候系统与全球变化等，不同院校可能根据自身优势设置侧重方向：

气象学 ：侧重天气现象与预报

大气物理学 ：研究大气动力过程

气候科学与全球变化 ：聚焦气候变化机制

应用气象学 ：强调气象服务与工程应用

四、学科地位与规模

部分院校的大气科学学院具有国家级重点学科、博士后科研流动站等资质，例如中山大学、浙江大学等，且本科生招生规模居全国前列。

综上，大气科学系可能独立设置，也可能隶属于地球科学、环境科学等学院，具体需结合目标高校的学科设置判断。