上海第二工业大学（简称“二工大”）在多个专业领域都有显著的优势和良好的声誉。以下是一些被广泛认为最好的专业：

机械工程及自动化 ：该专业是国家级特色专业，也是学校的王牌专业之一，涵盖了机械设计制造及其自动化、自动化控制、计算机应用等多个学科，培养学生具备较强的机械设计、制造和自动化控制能力。

软件工程 ：软件工程同样是学校的王牌专业，也是国家级特色专业建设点，注重理论知识与实践能力的结合，毕业生具备较高的软件设计和开发能力。

物流管理 ：物流管理专业在国家级特色专业排名中表现突出，毕业生在物流行业有广泛的就业前景。

计算机科学与技术 ：该专业培养学生掌握计算机的基本理论、基本知识和基本技能，具备较强的编程能力和软件开发能力，毕业生在软件开发、网络安全、数据分析等领域有广泛的就业前景。

电子信息工程 ：该专业培养学生掌握电子信息工程的基本理论、基本知识和基本技能，具备较强的电子系统设计、开发和应用能力。

自动化 ：自动化专业也是一个优势专业，涵盖了多个自动化技术的方向，毕业生在自动化设备操作与维护、智能制造等领域有广泛的就业前景。

应用化学 ：该专业结合化学工程与生物技术的特点，并且有紧密的校企合作，在就业前景方面表现良好。

产品设计 ：产品设计专业也是一个值得推荐的王牌专业，入选国家级一流本科专业，培养学生具备较强的产品设计和创新能力。

这些专业在教学、科研和就业等方面都有显著的优势，因此可以被认为是二工大最好的专业。建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的专业。