自动化专业通常设置在以下学院：

自动化学院 ：专注于自动化专业的教学和科研，例如北京航空航天大学自动化科学与电气工程学院、清华大学自动化系、浙江大学控制科学与工程学院等。

控制科学与工程学院 ：通常包含自动化专业，强调控制理论及其工程应用，例如清华大学自动化系、浙江大学控制科学与工程学院等。

机械与电气工程学院 ：在一些院校中，机械设计及其自动化、机械电子工程、电气工程和自动化等专业可能会设置在同一个学院下。

电气信息工程学院 ：将自动化专业与电气类专业设置在一个学院，例如电气工程与自动化组成电气信息工程学院。

电子信息工程学院 ：有些院校将自动化专业设置在电子信息工程学院。

信息科学技术学院 ：例如清华大学自动化系隶属于信息科学技术学院。

仪器科学与技术系 、 测控技术与仪器系 、 通信工程系 、 电子技术教学部 、 自动化系 ：这些系部也可能与自动化专业相关，具体归属取决于院校的院系设置。

其他学院 ：在一些大学中，机械工程、计算机科学与技术等其他学院也可能开设自动化相关课程或研究方向。

具体归属哪个学院取决于不同大学的院系设置和自动化专业的专业方向。建议您在选择院校和专业时，仔细查看各院校的官方网站或咨询相关院系，以获取最准确的信息。