重庆体育生在投档时遵循以下原则：

分数优先、遵循志愿、一轮投档 ：按照考生的投档排序位次进行投档。投档排序位次在考生文化成绩和专业成绩分别达到重庆市最低录取控制分数线的前提下，根据考生的综合成绩（或专业成绩）确定。如果考生的综合成绩（或专业成绩）相同，则按照体育类同分排序规则确定位次。

成绩计算规则 ：

本科 ：综合成绩 = 【文化成绩/750×100×40% + 专业成绩×60%】，成绩保留两位小数。

专科 ：按照专业成绩排序确定位次。

同分排序规则 ：体育类考生综合成绩（或专业成绩）相同时，首先比较统一高考总成绩，若相同再按普通类同分排序规则依次比较，由高到低排序。

投档比例 ：高校根据模拟投档情况在正式投档前完成计划调整，调档比例原则上控制在105%以内，并确保符合录取规则的调档考生能够录取。

兼报普通类志愿 ：凡兼报普通类志愿的体育类考生，录取时先按照体育类志愿投档，在其所填报的体育类志愿录取结束后，未被体育类录取的，转入普通类并按照普通类录取进程参与相应批次投档。

专业平行志愿 ：体育类实行平行志愿投档，考生可以填报多个具体的高校和专业，投档时按照“分数优先、遵循志愿”的原则进行，即分数高的考生先投档，分数相同的情况下，按照志愿顺序优先投档。

投档比例 ：体育类考生的投档比例为1:1，即直接投到考生所填报的具体高校的具体专业。

综上所述，重庆体育生在投档时主要依据综合成绩（或专业成绩）进行排序，分数优先，遵循志愿，一轮投档。同时，兼报普通类志愿的考生在体育类志愿录取结束后，若未被录取，可转入普通类相应批次参与录取。建议体育生在填报志愿时，充分了解并合理搭配志愿，以提高录取机会。