以下是全国应用物理学专业最好的大学：

北京大学

北京大学是中国顶尖的综合性研究型大学，其物理学院历史悠久，设有物理学、天文学、大气科学和核物理四个本科专业，并即将成立应用物理专业。

中国科学技术大学

中国科学技术大学以理学院为基础，物理学院每年招收本科生和研究生各约300名，毕业生大多进入国内外知名大学或研究院所继续深造。

清华大学

清华大学物理系是国内发展最快、最好的物理系之一，对提高学校的学术声誉起着重要作用。

复旦大学

复旦大学在应用物理学领域具有很高的教学和研究水平，为学生提供了良好的学习环境和实践机会。

上海交通大学

上海交通大学也是应用物理学领域的重要高校，拥有强大的教学和研究团队。

南京大学

南京大学在物理学领域具有深厚的学术积淀，应用物理学专业也颇具实力。

南开大学

南开大学在应用物理学领域有着较高的声誉和学术水平。

吉林大学

吉林大学在应用物理学领域也有显著的教学和研究成果。

浙江大学

浙江大学在应用物理学领域同样具有较高的教学和研究水平。

武汉大学

武汉大学在应用物理学领域也具备较强的教学和研究能力。

这些大学在应用物理学领域具有很高的教学和研究水平，为学生提供了良好的学习环境和实践机会。建议您根据自己的兴趣和需求，进一步了解这些学校的专业设置、师资力量和科研水平，以做出最适合自己的选择。