上海的研究所包括：

1. 中国科学院上海分院

这是中国科学在上海的一个重要研究机构，涵盖了物理、化学、生命科学、材料科学等多个领域。

2. 上海交通大学科学研究院。

该机构以应用科学研究为主，尤其在信息科技、材料科学、生物医药等领域具有显著优势。

3. 上海市农业科学院。

主要进行农业科学研究，包括农业生物技术、农业机械装备等方向的研究。

详细解释如下：

中国科学院上海分院是上海市最重要的科研机构之一。该机构聚集了一批国内外的优秀科研人才，多年来在许多基础研究和应用研究领域都取得了重大进展。尤其是其在物理、化学、生命科学和材料科学等领域的研究，在国内外都具有很高的声誉。

上海交通大学科学研究院是另一所重要的科研机构，其研究重点更偏向于应用科学研究。该机构在信息科技、材料科学、生物医药等领域的研究与开发，为我国的科技进步和产业发展做出了重要贡献。此外，上海交通大学还与许多企业和行业建立了紧密的合作关系，推动科研成果的产业化。

上海市农业科学院则是上海市乃至全国的农业科研的重要基地。其研究内容包括农业生物技术、农作物种植技术、农业机械装备等方面，旨在提高农业生产效率，保障粮食安全，改善农村生态环境。该机构的研究成果对于推动我国的农业现代化进程起到了重要作用。