在注册过程中，医师需要与批准其所在机构的卫生计生行政部门联系。如果医生想要在多个机构执业，则需要选择一个机构作为其主要执业机构，并向批准该机构执业的卫生计生行政部门申请注册。如果医师只有一个执业机构，则将其视为其主要执业机构。医师如果想要在其他地方增加执业机构，则需要向批准该机构执业的卫生计生行政部门申请注册。
需要特别注意的是，存在一些情况下不能申请临床执业医师资格证书。包括：不具有完全民事行为能力的人员；受刑事处罚，在两年内不能申请注册；被吊销医师执业证书，在两年内不能申请注册；身体残疾或处于甲/乙类传染病传染期或精神疾病发病期的人员，或不能胜任医疗、预防、保健业务的人员；重复申请注册，未能通过考核的人员；在医师资格考试中参与了组织作弊的人员；被查证使用伪造的医师资格或者冒名使用他人的医师资格注册的人员；以及其他不宜从事医疗、预防、保健业务的情况。
在注册审核表封面上，医生需要按照规定填写个人信息，如姓名、医师资格级别、类别、医师资格证书编码等，在填写过程中需要特别留意。同样的，医师在执业过程中也需要遵守各种规定，以确保医疗秩序和医疗质量。
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