在南京选择自考学校时，可以考虑以下几个因素：

学校知名度：

选择知名度较高的学校，这样的学校在社会上通常有更高的认可度和地位。

专业选择：

根据自己的兴趣和职业规划选择专业，同时查看该专业是否由该校主考。有些学校虽然知名度高，但开设的自考专业较少或局限性较大，因此要综合考虑。

学校地点：

选择自己所在地的学校，可以方便考试、学习和毕业等事宜。

学校实力：

选择国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”建设高校以及设立研究生院的高校，这些学校通常教育资源雄厚，教育质量较高。

专业设置：

查看学校是否提供自己感兴趣的专业，以及该专业的课程设置是否全面。

根据以上因素，以下是一些推荐的南京自考学校：

南京大学：

国家“双一流”世界一流学科建设高校，知名度高，专业设置全面。

东南大学：

同样是“211工程”和“985工程”高校，专业实力强。

河海大学：

在水利工程等领域具有较高声誉，专业设置丰富。

南京农业大学：

农业领域的知名高校，专业涵盖农、理、工、经、管等多个学科。

南京理工大学：

以工科见长，专业设置实用性强。

南京师范大学：

师范类高校，教育类专业实力强。

南京财经大学：

财经类专业特色鲜明，就业前景好。

南京中医药大学：

中医药领域的权威高校，专业设置有特色。

建议考生根据自己的实际情况和需求，综合考虑以上因素，选择最适合自己的自考学校和专业。