中国科学院（中科院）是中国顶尖的学术研究机构，拥有众多优秀的科研院所和分院。要确定哪个所“最好”，实际上取决于具体的研究领域和需求。以下是一些在各自领域内具有显著影响力的研究所：

物理所

成立于1950年，是我国物理学研究的重要基地，研究领域包括凝聚态物理、光学、原子分子物理、理论物理等。物理所始终站在物理学研究的前沿，取得了一系列具有重要影响力的科研成果，为我国物理学研究的发展做出了巨大贡献。

数学与系统科学研究所

成立于1952年，是我国数学领域的重要研究机构，研究方向包括数学、系统科学、计算机科学、运筹学等。该所在国际上享有很高的声誉，被广泛认为是全球数学研究的重要中心之一。

计算技术研究所

成立于1956年，是我国计算机科学领域的重要研究机构，研究方向包括计算机体系结构、计算机网络、人工智能、软件工程等。计算所积极参与国家重大科技项目，为我国计算机科学领域的发展做出了突出贡献。

微生物研究所

在微生物学领域具有很高的声誉，研究领域涵盖微生物的多个方面，包括基础微生物学、应用微生物学、微生物遗传学等。

化学研究所

成立于1956年，是以开展基础研究为主，有重点地开展国家急需的、有重大战略目标的高新技术创新研究，并与高新技术应用和转化工作协调发展的多学科、综合性研究所。

上海有机所

创建于1950年，是中国科学院首批成立的15个研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化学研究所。该所在有机化学领域具有深厚的研究基础和广泛的应用。

长春应化所

始建于1948年，经过几代应化人的不懈努力，现已发展成为集基础研究、应用研究和高技术创新研究及产业化于一体的综合性化学研究所。

大连化学物理研究所

创建于1949年，1970年正式定名为“中国科学院大连化学物理研究所”。该所在化学物理领域具有显著的研究成果和影响力。

综上所述，中科院的物理所、数学与系统科学研究所、计算技术研究所、微生物研究所、化学研究所、上海有机所、长春应化所和大连化学物理研究所都是在各自领域内非常优秀的研究机构。选择哪个所最好，需要根据具体的研究兴趣、职业发展方向以及个人职业规划来决定。