考研合同丢失后，可以采取以下措施进行处理：

联系原学校申请补办

如果你确认就业协议和推荐表丢失了，需要到原学校申请补办。在补办之前，可能需要到当地的权威报纸上登报声明原协议书和推荐表作废。具体事宜可以咨询毕业学校的就业指导中心。

重新补签合同

如果合同双方都承认合同内容，可以联系合同相对人重新补签合同，或者复印一份合同相对方手里的合同原件，并在合同复印件上签字。

收集证据

如果合同相对方不承认或者不按照原合同内容履行合同义务，建议收集保存好合同当事人之间的电话、微信、邮件、短信等沟通记录、交货、付款等履行凭证等，以证明合同存在及合同内容。

查询登记或备案的合同

如果合同需要到有关部门登记或备案，且已完成登记或备案，且登记或备案合同与实际相一致，可以直接到有关部门查询。

登报挂失

合同丢失后，应及时登报挂失，以防止他人冒用。可以通过线上平台或亲自前往报社进行登报挂失。线上登报费用较低，一般在100-200元左右。

与用人单位协商

若劳动者本人保存的劳动合同遗失，可以与用人单位协商，采取复印用人单位保存的劳动合同文本并由双方签字盖章，或重新订立劳动合同等方式。

向劳动保障监察部门投诉

如果用人单位未提供劳动合同文本，可以向当地劳动保障监察部门投诉，要求其责令用人单位改正。

通过以上措施，可以尽量减少合同丢失带来的影响，并确保合同权益得到保障。