自学考试之所以会有两个学校，主要是因为 不同学校的自学考试管理、教学质量、教学资源等方面存在差异，同时每个专业通常只会有一个主考院校。

管理制度和教学质量的差异：

不同学校的自学考试实行的管理制度、考试难度、课程设置、教材选择等都不尽相同，因此需要分学校进行管理和评估。

专业选择与主考院校的关系：

考生可以根据自己的兴趣和需求选择适合自己的自学考试学校，而主考院校通常是由省教育考试院遴选确定的，负责制定课程要求、组织考试和颁发毕业证。

专业特殊性或地域性：

在某些情况下，如果自考专业具有特殊性，或者省内考生分布有区域性且各地域内有适合该专业的主考院校，那么可能会出现多个主考院校共同开考同一专业的情况。

助学机构的角色：

此外，有些学校虽然参与助学，但并不是主考院校。这些学校只要有资质，可以向自考办申请成为助学机构，提供培训或教学服务。因此，助学机构众多，而主考院校则相对较少。

毕业证的颁发：

需要注意的是，自考毕业证书上会盖有两个公章，一个是考试院的，一个是主考院校的。这是因为考试院负责组织考试，而主考院校则负责颁发毕业证。

综上所述，自学考试之所以会有两个学校，主要是因为不同学校之间的管理和教学质量差异，以及专业选择、地域性和主考院校遴选等多种因素。考生在选择自学考试学校时，可以根据自己的需求和兴趣进行选择，同时需要了解每个专业的主考院校和相关规定。