新疆大学和重庆大学都是世界一流大学建设高校，但它们在多个方面存在一定差异：

学校类型和实力

重庆大学：A类高校，合并的学校较多，在工科方面实力较强，尤其是电气工程和机械工程。重庆大学的工学相对广泛，输配电方面实力也不弱，但整体在机械领域更有建树。

新疆大学：B类高校，合并的院校较少，在文理专业方面实力占有优势。新疆大学的工科方向涉及化工、机械等多个领域，但实际依旧以矿业为主要教研领域，因为其工科来自新疆工学院，而新疆工学院的主要教研领域就是这些方面。

教研侧重点

重庆大学：在土木方面实力较强，主要是建筑方向利用土木更多一些。

新疆大学：在矿业方面实力较强，结合土木更多一些。新疆的矿产资源丰富，未来国内矿冶和电力供应基地的相关项目也会积极落户新疆，带动新疆大学整体发展。

未来发展

重庆大学：实力较强，没有争议，且在多个学科领域都有不错的表现。

新疆大学：随着丝绸之路的兴起和新疆地区乃至整个中亚的开发加速，未来新疆大学在矿冶等方面有很大的发展潜力，尤其是矿冶和电力供应方面。

总结：

重庆大学在工科方面，特别是电气工程和机械工程方面实力较强，而新疆大学在文理专业方面和矿业方面具有优势。两所学校在土木方面都有一定实力，但侧重点不同。总体来看，重庆大学的实力胜过新疆大学，但新疆大学在未来有着良好的发展前景，特别是在矿冶和电力供应领域。