扬州大学最好的系取决于个人的兴趣和职业规划。以下是一些被广泛认为较好的专业：

法学院：

法学、思想政治教育、小学教育、体育教育、汉语言文学、英语、数学与应用数学、化学、生物技术、机械设计制造及其自动化、土木工程等专业被认为是王牌专业。

医学院：

扬州大学医学院拥有一流的师资力量和先进的教学设施，专业设置广泛，涵盖临床医学、口腔医学、药学等多个领域。医学院被认为是该校最好的学院之一。

兽医学院：

兽医学专业被评为A-+，是扬州大学最强的优势专业之一。该专业培养学生具备动物疾病的发生发展规律、动物疾病的诊断与防治等方面的基本知识和技能，毕业后在社会上很受欢迎。

农学院：

农学专业在最新的全国大学排行榜中排名第二，是国家级特色专业和王牌专业之一。

数学与应用数学：

该专业被认为是扬州大学的王牌专业之一，也是国家级特色专业。

化学：

化学专业也是扬州大学的王牌专业之一，被评为国家级特色专业。

动物医学：

动物医学专业综合排名全国第四，被认为是最好的专业之一，并且就业前景较好。

综上所述，如果对法律、教育、文学、数学、化学、生物技术和工程等领域感兴趣，扬州大学的法学院、教育学院、文学院、数学与应用数学系、化学系、生物科学与技术学院和机械工程学院等都是不错的选择。如果希望从事医学相关工作，兽医学院则是最佳选择。