截至2018年12月，深圳地铁3号线共有 30个站点，其中市内地铁换乘站7站。具体站点如下：

1. 益田站（福田区）

2. 石厦站（福田区）

3. 购物公园站（深圳地铁1号线）

4. 福田站（深圳地铁2号线、深圳地铁11号线、广深港高速铁路）

5. 少年宫站（深圳地铁4号线）

6. 莲花村站（地下站）

7. 华新站（深圳地铁7号线）

8. 通新岭站（地下站）

9. 红岭站（深圳地铁9号线）

10. 老街站（罗湖区）

11. 晒布站（地下站）

12. 翠竹站（地下站）

13. 田贝站（地下站）

14. 水贝站（地下站）

15. 草埔站（高架站）

16. 布吉站（龙岗区）

17. 木棉湾站（高架站）

18. 大芬站（高架站）

19. 丹竹头站（高架站）

20. 六约站（高架站）

21. 塘坑站（地下站）

22. 横岗站（高架站）