南京大学软件工程硕士（Master of Software Engineering，MSE）是南京大学软件学院提供的一个研究生学位课程。该课程旨在培养具有软件开发能力、工程管理能力和法律基础，同时具有国际竞争能力的高素质、复合型软件工程高级人才。南京大学软件学院是教育部与国家计委联合批准设立的国家示范性软件学院之一。
MSE课程包含不同的研究方向，如商务智能与商业数据分析工程方向、政务信息化管理工程方向、教育信息化管理工程方向以及财务与金融工程方向。这些方向旨在满足不同行业对于信息化和数据分析专业人才的需求，特别是在国际大型企业中，对于商务智能、商业情报收集与处理的专业人才的需求。
南京大学软件工程硕士（MSE）课程注重实践应用，与多个企业和机构有合作关系，为学生提供实习和就业机会，以增强学生的实际工作经验和能力
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