复旦大学最好的专业是数学。
数学一直是复旦大学的王牌专业，数学与应用数学在全国具有领先地位，苏步青、谷超豪等着名数学家都出自复旦数学系，全国来说，复旦数学仅次于北京大学。数学是复旦最火的专业之一，每年转专业竞争最激烈的就是转进数学系，大多数人都宁愿为了转专业多读一年本科。
初次之外还有世界一流学科建设学科：哲学、政治学、中国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、环境科学与工程、基础医学、临床医学、中西医结合、药学、机械及航空航天和制造工程、现代语言学。
国家级特色专业：汉语言文学、预防医学、生物科学、哲学、物理学、基础医学、经济学、历史学、数学与应用数学、化学、国际政治、核技术、管理科学。
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